在生物處理污水工藝中，需要用顯微鏡每天觀察曝氣池中的生物相。作為監控工藝運行的輔助方法。只是定性地判斷活性污泥的狀況。其優點是監控活性污泥方便、及時，隨時可判斷污泥狀況，供調整運行工藝參考。

在活性污泥工藝運行中，由于進水水質以及環境因素變化等原因，造成生物相發生變化，會導致污泥出現質量問題。一般會有生物相異常，污泥上浮，污泥膨脹，生物泡沫等現象發生。運行人員要及時觀察生物相，提出解決的對策。因此需運行控制人員熟練掌握活性污泥中常見及普遍存在的微型指示生物及其變化規律，即一般生物相。據此對曝氣池中運行異常的微生物相做出判斷。以便及時采取措施，調整工藝運行。正常的活性污泥中，一般有變形蟲、鞭毛蟲、草履蟲、鐘蟲、輪蟲、線蟲等幾種微型指示生物。通過觀察這些微生物的某一種或幾種是否占優勢以及比例的多少，來定性評判工藝運行狀態。